Для выявления в организме человека возбудителей тех или иных заболеваний проводится микроскопическое исследование. Кроме того, анализ позволяет за короткий период времени оценить характер микрофлоры и степень выраженности воспалительного процесса.

С помощью микроскопии можно установить возбудителей гнойно-воспалительных заболеваний: пневмококки, стафилококки, стрептококки, гемофильные бактерии, клебсиеллу, синегнойную палочку, энтеробактерии. Также микроскопия позволяет обнаружить грамположительные споровые анаэробы и аэробы, различные грибы, в том числе рода Candida и др.